L'Istituto Nazionale di Fisica Nucleare opera in Toscana attraverso due Sezioni:
- La Sezione di Firenze
- La Sezione di Pisa
Inoltre, presso Cascina, in provincia di Pisa, è stato realizzato l'esperimento VIRGO, un interferometro terrestre per la misura delle onde gravitazionali.
L'Istituto Nazionale di Fisica Nucleare opera in stretta connessione con la Regione Toscana e con le aziende del territorio.